# Mannschaft Sp. S. U. N. Tore Dif. Pk.
1 FC Vaduz, Liechtenstein FC Vaduz 28 14 8 6 49:27 22 72
2 FC Schaffhausen, Schweiz FC Schaffhausen 26 13 9 4 39:26 13 72
3 FC Chiasso, Schweiz FC Chiasso 28 14 5 9 38:26 12 71
4 FC Wohlen, Schweiz FC Wohlen 28 11 14 3 43:32 11 69
5 Yverdon Sport FC, Schweiz Yverdon Sport FC 28 10 9 9 45:34 11 63
6 FC Malcantone, Schweiz FC Malcantone 26 12 7 7 40:32 8 61
7 SC Kriens, Schweiz SC Kriens 28 12 6 10 36:34 2 60
8 FC Concordia Basel, Schweiz FC Concordia Basel 26 13 4 9 42:35 7 57
9 FC Luzern, Schweiz FC Luzern 28 10 8 10 38:40 -2 56
10 AC Bellinzona, Schweiz AC Bellinzona 28 12 2 14 39:48 -9 52
11 FC Bulle, Schweiz FC Bulle 28 8 9 11 36:47 -11 45
12 FC Sion, Schweiz FC Sion 12 6 4 2 18:10 8 42
13 FC Meyrin, Schweiz FC Meyrin 26 7 7 12 32:42 -10 38
14 FC Baden, Schweiz FC Baden 28 8 4 16 32:47 -15 38
15 FC Winterthur, Schweiz FC Winterthur 26 6 5 15 33:39 -6 33
16 FC La Chaux-de-Fonds, Schweiz FC La Chaux-de-Fonds 28 6 6 16 20:40 -20 32
17 SR Delémont, Schweiz SR Delémont 26 6 5 15 30:51 -21 27
  Aufstieg
  Relegation
  Abstieg

# Der FC Sion stieg erst am 29. Oktober 2003 in die Challenge League ein. Die Nachtragsspiele werden mit Spieltag 35 geführt. Zusätzlich wurden zu den 30 regulären Runden einige Extra-Spieltage (31-34) eingeführt.

# Die Saison 2003/2004 in der Schweizer Challenge League wurde mit einem besonderen Modus gespielt. Zwei Klubs spielten innerhalb einer Woche gegeneinander, der Sieger des direkten Duells erhielt dafür zwei Extrapunkte. Nach einer Saison wurde dieses System wieder abgeschafft.