# Mannschaft Sp. S. U. N. Tore Dif. Pk.
1 FC Winterthur, Schweiz FC Winterthur 9 5 3 1 9:5 4 18
2 FC Lugano, Schweiz FC Lugano 9 4 4 1 9:3 6 16
3 FC Aarau, Schweiz FC Aarau 9 4 4 1 7:3 4 16
4 AC Bellinzona, Schweiz AC Bellinzona 9 2 6 1 4:3 1 12
5 FC Vaduz, Liechtenstein FC Vaduz 9 2 5 2 4:3 1 11
6 FC Chiasso, Schweiz FC Chiasso 9 1 7 1 2:2 0 10
7 FC Wil 1900, Schweiz FC Wil 1900 9 2 3 3 4:4 0 9
8 FC Locarno, Schweiz FC Locarno 9 2 2 5 3:5 -2 8
9 FC Biel/Bienne, Schweiz FC Biel/Bienne 9 1 3 5 3:11 -8 6
10 FC Wohlen, Schweiz FC Wohlen 9 0 5 3 0:6 -6 5
  Aufstieg
  Abstieg

# Beim Spiel der 2. Runde FC Wil 1900 - FC Wohlen 0:1 (0:1) am 22.07.2012 stand bei Wil der nicht einsatzberechtigte Lars Leuzinger im Kader. Die Partie wurde deshalb von der Disziplinarkommission der SFL mit 0:3 gewertet.

# Beim Spiel der 19. Runde FC Locarno - FC Lugano 0:3 (0:2) am 13.02.2013 hatte Lugano acht statt der maximal erlaubten sieben nicht lokal ausgebildeten Spieler im Kader. Die Partie wurde deshalb von der SFL mit 3:0 für Locarno gewertet.

# Dem AC Bellinzona wurde wegen Verstösse gegen das Lizenzreglement sieben Punkte abgezogen.

# Der AC Bellinzona erhielt vom Schweizer Fußballverband für die Saison 2013/2014 keine Lizenz. Der FC Locarno spielt somit trotz sportlichen Abstiegs auch in der Saison 2013/2014 in der Challenge League.