| 8. Spieltag | 17.09.2016 | Swindon Town | - | Bury FC | 1:2 | ||||
| 14. Spieltag | 18.10.2016 | Bury FC | - | AFC Wimbledon | 1:2 |  |
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| 15. Spieltag | 24.10.2016 | Bury FC | - | Bolton Wanderers | 0:2 | ||||
| 16. Spieltag | 29.10.2016 | Northampton Town | - | Bury FC | 3:2 | ||||
| 17. Spieltag | 12.11.2016 | Bury FC | - | Southend United | 1:4 | ||||
| 18. Spieltag | 19.11.2016 | AFC Wimbledon | - | Bury FC | 5:1 | ||||
| 19. Spieltag | 22.11.2016 | Sheffield United | - | Bury FC | 1:0 | ||||
| 20. Spieltag | 26.11.2016 | Bury FC | - | Millwall FC | 2:3 | ||||
| 31. Spieltag | 11.02.2017 | Bury FC | - | Swindon Town | 1:0 | ||||
| 32. Spieltag | 14.02.2017 | Bury FC | - | Milton Keynes Dons | 0:0 | ||||
| 33. Spieltag | 18.02.2017 | Chesterfield FC | - | Bury FC | 1:2 |  |
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| 37. Spieltag | 11.03.2017 | Oldham Athletic | - | Bury FC | 0:0 | ||||
| 38. Spieltag | 14.03.2017 | Bury FC | - | Bristol Rovers | 3:0 | |
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| 39. Spieltag | 18.03.2017 | Millwall FC | - | Bury FC | 0:0 | ||||
| 44. Spieltag | 18.04.2017 | Bolton Wanderers | - | Bury FC | 0:0 | ||||
| 45. Spieltag | 22.04.2017 | Bury FC | - | Northampton Town | 3:0 | ||||
| 46. Spieltag | 30.04.2017 | Southend United | - | Bury FC | 1:0 |
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