| 5. Spieltag | 22.09.2006 | SC Freiburg | - | SpVgg Greuther Fürth | 3:3 | ||||
| 6. Spieltag | 01.10.2006 | Erzgebirge Aue | - | SC Freiburg | 3:1 | ||||
| 7. Spieltag | 13.10.2006 | MSV Duisburg | - | SC Freiburg | 1:1 | ||||
| 8. Spieltag | 20.10.2006 | SC Freiburg | - | Wacker Burghausen | 2:0 | ||||
| 9. Spieltag | 30.10.2006 | 1. FC Kaiserslautern | - | SC Freiburg | 1:3 | ||||
| 10. Spieltag | 03.11.2006 | SC Freiburg | - | Eintracht Braunschweig | 1:0 | ||||
| 11. Spieltag | 08.11.2006 | FC Augsburg | - | SC Freiburg | 2:0 | ||||
| 12. Spieltag | 12.11.2006 | SC Freiburg | - | 1. FC Köln | 0:0 | ||||
| 13. Spieltag | 17.11.2006 | FC Carl Zeiss Jena | - | SC Freiburg | 2:1 | ||||
| 14. Spieltag | 26.11.2006 | SC Freiburg | - | Kickers Offenbach | 1:3 | ||||
| 17. Spieltag | 17.12.2006 | TuS Koblenz | - | SC Freiburg | 0:1 | ||||
| 18. Spieltag | 22.01.2007 | Hansa Rostock | - | SC Freiburg | 0:1 | ||||
| 19. Spieltag | 28.01.2007 | SC Freiburg | - | Rot-Weiss Essen | 3:1 | ||||
| 20. Spieltag | 04.02.2007 | SpVgg Unterhaching | - | SC Freiburg | 0:2 | ||||
| 21. Spieltag | 11.02.2007 | SC Freiburg | - | TSV 1860 München | 3:0 | ||||
| 31. Spieltag | 29.04.2007 | Kickers Offenbach | - | SC Freiburg | 2:3 | ||||
| 34. Spieltag | 20.05.2007 | SC Freiburg | - | TuS Koblenz | 2:0 |
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