| 1. Spieltag | 07.08.2016 | SpVgg Greuther Fürth | - | TSV 1860 München | 1:0 |  |
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| 2. Spieltag | 14.08.2016 | TSV 1860 München | - | Arminia Bielefeld | 1:0 | ||||
| 3. Spieltag | 27.08.2016 | Karlsruher SC | - | TSV 1860 München | 0:0 | ||||
| 4. Spieltag | 12.09.2016 | 1. FC Nürnberg | - | TSV 1860 München | 1:2 | |
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| 5. Spieltag | 16.09.2016 | TSV 1860 München | - | 1. FC Union Berlin | 1:2 | ||||
| 7. Spieltag | 25.09.2016 | TSV 1860 München | - | Hannover 96 | 0:2 | ||||
| 8. Spieltag | 02.10.2016 | Würzburger Kickers | - | TSV 1860 München | 2:0 | ||||
| 10. Spieltag | 21.10.2016 | VfB Stuttgart | - | TSV 1860 München | 2:1 | ||||
| 15. Spieltag | 03.12.2016 | TSV 1860 München | - | Dynamo Dresden | 1:0 | ||||
| 16. Spieltag | 10.12.2016 | VfL Bochum | - | TSV 1860 München | 1:0 | ||||
| 17. Spieltag | 16.12.2016 | TSV 1860 München | - | 1. FC Heidenheim 1846 | 1:1 | ||||
| 18. Spieltag | 27.01.2017 | TSV 1860 München | - | SpVgg Greuther Fürth | 2:1 | |
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| 19. Spieltag | 03.02.2017 | Arminia Bielefeld | - | TSV 1860 München | 2:1 | ||||
| 21. Spieltag | 20.02.2017 | TSV 1860 München | - | 1. FC Nürnberg | 2:0 |
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