| 1. Spieltag | 18.08.2008 | MSV Duisburg | - | Hansa Rostock | 2:2 |  |
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| 2. Spieltag | 24.08.2008 | Hansa Rostock | - | Alemannia Aachen | 1:0 | ||||
| 4. Spieltag | 14.09.2008 | Hansa Rostock | - | 1. FSV Mainz 05 | 2:2 | ||||
| 5. Spieltag | 19.09.2008 | Rot Weiss Ahlen | - | Hansa Rostock | 2:2 | ||||
| 6. Spieltag | 26.09.2008 | Hansa Rostock | - | FC St. Pauli | 3:0 |  |
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| 7. Spieltag | 05.10.2008 | FC Ingolstadt 04 | - | Hansa Rostock | 4:2 | |
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| 8. Spieltag | 19.10.2008 | Hansa Rostock | - | TuS Koblenz | 9:0 | ||||
| 9. Spieltag | 24.10.2008 | FSV Frankfurt | - | Hansa Rostock | 0:0 | ||||
| 10. Spieltag | 28.10.2008 | Hansa Rostock | - | SpVgg Greuther Fürth | 1:2 | ||||
| 11. Spieltag | 02.11.2008 | Rot-Weiß Oberhausen | - | Hansa Rostock | 1:0 | ||||
| 12. Spieltag | 09.11.2008 | Hansa Rostock | - | VfL Osnabrück | 2:2 | ||||
| 14. Spieltag | 24.11.2008 | Hansa Rostock | - | TSV 1860 München | 0:1 | ||||
| 15. Spieltag | 30.11.2008 | FC Augsburg | - | Hansa Rostock | 2:0 |
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