| 1. Spieltag | 07.08.2005 | SpVgg Unterhaching | - | SC Paderborn 07 | 3:0 | ||||
| 2. Spieltag | 14.08.2005 | SC Paderborn 07 | - | 1. FC Saarbrücken | 5:0 | ||||
| 7. Spieltag | 25.09.2005 | Dynamo Dresden | - | SC Paderborn 07 | 0:2 | ||||
| 14. Spieltag | 27.11.2005 | Alemannia Aachen | - | SC Paderborn 07 | 2:1 | ||||
| 20. Spieltag | 05.02.2006 | SC Paderborn 07 | - | Energie Cottbus | 0:0 | ||||
| 21. Spieltag | 12.02.2006 | LR Ahlen | - | SC Paderborn 07 | 0:2 | ||||
| 22. Spieltag | 19.02.2006 | SC Paderborn 07 | - | Hansa Rostock | 3:0 | ||||
| 23. Spieltag | 24.02.2006 | SpVgg Greuther Fürth | - | SC Paderborn 07 | 1:1 | ||||
| 25. Spieltag | 10.03.2006 | Kickers Offenbach | - | SC Paderborn 07 | 1:1 | ||||
| 26. Spieltag | 19.03.2006 | SC Paderborn 07 | - | TSV 1860 München | 0:1 | ||||
| 27. Spieltag | 24.03.2006 | Eintracht Braunschweig | - | SC Paderborn 07 | 2:0 | ||||
| 28. Spieltag | 31.03.2006 | SC Paderborn 07 | - | VfL Bochum | 1:3 | ||||
| 29. Spieltag | 09.04.2006 | SC Freiburg | - | SC Paderborn 07 | 1:0 | ||||
| 33. Spieltag | 07.05.2006 | SC Paderborn 07 | - | Erzgebirge Aue | 0:2 | ||||
| 34. Spieltag | 14.05.2006 | Karlsruher SC | - | SC Paderborn 07 | 2:3 |
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