| 18. Spieltag | 11.12.1998 | Fortuna Düsseldorf | - | Fortuna Köln | 2:2 |  |
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| 19. Spieltag | 20.12.1998 | Fortuna Köln | - | KFC Uerdingen 05 | 1:1 | ||||
| 20. Spieltag | 28.02.1999 | Stuttgarter Kickers | - | Fortuna Köln | 2:2 | |
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| 21. Spieltag | 07.03.1999 | Fortuna Köln | - | TeBe Berlin | 1:3 | ||||
| 22. Spieltag | 14.03.1999 | SpVgg Greuther Fürth | - | Fortuna Köln | 4:0 | |
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| 23. Spieltag | 21.03.1999 | Fortuna Köln | - | SG Wattenscheid 09 | 1:2 |  |
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| 24. Spieltag | 05.04.1999 | Karlsruher SC | - | Fortuna Köln | 4:2 |  |
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| 26. Spieltag | 19.04.1999 | 1. FC Köln | - | Fortuna Köln | 0:3 | |
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| 28. Spieltag | 02.05.1999 | Hannover 96 | - | Fortuna Köln | 3:3 | ||||
| 29. Spieltag | 07.05.1999 | Fortuna Köln | - | SSV Ulm 1846 | 2:2 | ||||
| 30. Spieltag | 16.05.1999 | 1. FSV Mainz 05 | - | Fortuna Köln | 1:1 | ||||
| 31. Spieltag | 23.05.1999 | Fortuna Köln | - | FC St. Pauli | 1:1 | ||||
| 32. Spieltag | 30.05.1999 | Energie Cottbus | - | Fortuna Köln | 2:0 | ||||
| 33. Spieltag | 13.06.1999 | Fortuna Köln | - | Rot-Weiß Oberhausen | 0:0 | ||||
| 34. Spieltag | 17.06.1999 | FC Gütersloh | - | Fortuna Köln | 2:1 |
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