| 18. Spieltag | 01.02.2009 | Hansa Rostock | - | MSV Duisburg | 0:1 | ||||
| 19. Spieltag | 06.02.2009 | Alemannia Aachen | - | Hansa Rostock | 3:3 | ||||
| 22. Spieltag | 27.02.2009 | Hansa Rostock | - | Rot Weiss Ahlen | 0:0 | ||||
| 24. Spieltag | 15.03.2009 | Hansa Rostock | - | FC Ingolstadt 04 | 1:1 | ||||
| 25. Spieltag | 20.03.2009 | TuS Koblenz | - | Hansa Rostock | 1:1 | ||||
| 26. Spieltag | 05.04.2009 | Hansa Rostock | - | FSV Frankfurt | 2:0 | ||||
| 27. Spieltag | 09.04.2009 | SpVgg Greuther Fürth | - | Hansa Rostock | 0:1 | ||||
| 28. Spieltag | 17.04.2009 | Hansa Rostock | - | Rot-Weiß Oberhausen | 3:1 | ||||
| 29. Spieltag | 27.04.2009 | VfL Osnabrück | - | Hansa Rostock | 0:0 | ||||
| 30. Spieltag | 01.05.2009 | Hansa Rostock | - | 1. FC Kaiserslautern | 5:1 | ||||
| 32. Spieltag | 12.05.2009 | Hansa Rostock | - | FC Augsburg | 3:3 |  |
 |
||
| 33. Spieltag | 17.05.2009 | Hansa Rostock | - | 1. FC Nürnberg | 0:0 | ||||
| 34. Spieltag | 24.05.2009 | SV Wehen Wiesbaden | - | Hansa Rostock | 1:1 |
Ungarn