| 1. Spieltag | 16.07.2011 | FC St. Pauli | - | FC Ingolstadt 04 | 2:0 | ||||
| 2. Spieltag | 25.07.2011 | Eintracht Frankfurt | - | FC St. Pauli | 1:1 | ||||
| 3. Spieltag | 05.08.2011 | FC St. Pauli | - | Alemannia Aachen | 3:1 | ||||
| 4. Spieltag | 12.08.2011 | VfL Bochum | - | FC St. Pauli | 1:2 | ||||
| 5. Spieltag | 22.08.2011 | FC St. Pauli | - | MSV Duisburg | 2:1 | ||||
| 6. Spieltag | 28.08.2011 | Eintracht Braunschweig | - | FC St. Pauli | 1:0 | ||||
| 7. Spieltag | 11.09.2011 | FC St. Pauli | - | TSV 1860 München | 4:2 | ||||
| 8. Spieltag | 19.09.2011 | Karlsruher SC | - | FC St. Pauli | 0:2 | ||||
| 9. Spieltag | 23.09.2011 | FC St. Pauli | - | Erzgebirge Aue | 2:3 | ||||
| 31. Spieltag | 13.04.2012 | SpVgg Greuther Fürth | - | FC St. Pauli | 2:1 | ||||
| 32. Spieltag | 22.04.2012 | FC St. Pauli | - | Hansa Rostock | 3:0 | ||||
| 33. Spieltag | 29.04.2012 | Dynamo Dresden | - | FC St. Pauli | 1:0 | ||||
| 34. Spieltag | 06.05.2012 | FC St. Pauli | - | SC Paderborn 07 | 5:0 |  |
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