| 3. Spieltag | 18.03.2017 | FC Flora | - | Pärnu JK Vaprus | 2:0 | ||||
| 4. Spieltag | 01.04.2017 | FC Flora | - | JK Tammeka | 4:0 | ||||
| 6. Spieltag | 14.04.2017 | FC Flora | - | Paide Linnameeskond | 3:0 | ||||
| 8. Spieltag | 25.04.2017 | FC Flora | - | JK Narva Trans | 4:2 |  |
|||
| 11. Spieltag | 13.05.2017 | JK Narva Trans | - | FC Flora | 0:2 | ||||
| 12. Spieltag | 19.05.2017 | FC Flora | - | FC Infonet | 3:0 | ||||
| 15. Spieltag | 03.06.2017 | JK Tammeka | - | FC Flora | 0:2 | ||||
| 16. Spieltag | 16.06.2017 | Pärnu JK Vaprus | - | FC Flora | 0:10 | ||||
| 17. Spieltag | 19.06.2017 | FC Flora | - | JK Nõmme Kalju | 2:0 | ||||
| 22. Spieltag | 05.08.2017 | Pärnu JK Vaprus | - | FC Flora | 1:8 | ||||
| 24. Spieltag | 15.08.2017 | JK Sillamäe Kalev | - | FC Flora | 0:3 | ||||
| 25. Spieltag | 18.08.2017 | FC Flora | - | Paide Linnameeskond | 3:0 | ||||
| 29. Spieltag | 12.09.2017 | FC Flora | - | JK Nõmme Kalju | 0:4 | ||||
| 33. Spieltag | 14.10.2017 | FC Flora | - | Pärnu JK Vaprus | 3:0 | ||||
| 34. Spieltag | 20.10.2017 | JK Narva Trans | - | FC Flora | 0:7 | ||||
| 35. Spieltag | 28.10.2017 | FC Flora | - | JK Tammeka | 2:0 | ||||
| 36. Spieltag | 04.11.2017 | FC Levadia | - | FC Flora | 0:0 |
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