| Gruppe C | 04.10.2012 | Bor. Mönchengladbach | - | Fenerbahçe | 2:4 | ||||
| Gruppe C | 25.10.2012 | AEL Limassol | - | Fenerbahçe | 0:1 | ||||
| Gruppe C | 08.11.2012 | Fenerbahçe | - | AEL Limassol | 2:0 | ||||
| Gruppe C | 22.11.2012 | Olympique Marseille | - | Fenerbahçe | 0:1 | ||||
| Gruppe C | 06.12.2012 | Fenerbahçe | - | Bor. Mönchengladbach | 0:3 | ||||
| 2. Runde | 14.02.2013 | BATE Borisov | - | Fenerbahçe | 0:0 | ||||
| 2. Runde | 21.02.2013 | Fenerbahçe | - | BATE Borisov | 1:0 |  |
|||
| Achtelfinale | 07.03.2013 | Viktoria Plzeň | - | Fenerbahçe | 0:1 | ||||
| Achtelfinale | 14.03.2013 | Fenerbahçe | - | Viktoria Plzeň | 1:1 | ||||
| Viertelfinale | 11.04.2013 | Lazio Roma | - | Fenerbahçe | 1:1 | ||||
| Halbfinale | 25.04.2013 | Fenerbahçe | - | SL Benfica | 1:0 | ||||
| Halbfinale | 02.05.2013 | SL Benfica | - | Fenerbahçe | 3:1 |
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