| 1. Spieltag | 18.08.2008 | MSV Duisburg | - | Hansa Rostock | 2:2 | ||||
| 2. Spieltag | 24.08.2008 | SV Wehen Wiesbaden | - | MSV Duisburg | 1:1 | ||||
| 3. Spieltag | 29.08.2008 | MSV Duisburg | - | FC Augsburg | 2:0 | ||||
| 4. Spieltag | 15.09.2008 | TSV 1860 München | - | MSV Duisburg | 2:0 | ||||
| 5. Spieltag | 19.09.2008 | MSV Duisburg | - | Alemannia Aachen | 3:2 |  |
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| 6. Spieltag | 29.09.2008 | 1. FC Nürnberg | - | MSV Duisburg | 0:1 | |
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| 7. Spieltag | 03.10.2008 | SC Freiburg | - | MSV Duisburg | 2:0 | ||||
| 8. Spieltag | 19.10.2008 | MSV Duisburg | - | FC Ingolstadt 04 | 6:1 | ||||
| 9. Spieltag | 26.10.2008 | 1. FSV Mainz 05 | - | MSV Duisburg | 0:0 | ||||
| 10. Spieltag | 29.10.2008 | MSV Duisburg | - | FC St. Pauli | 1:2 |  |
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| 12. Spieltag | 09.11.2008 | MSV Duisburg | - | Rot Weiss Ahlen | 0:1 | ||||
| 13. Spieltag | 16.11.2008 | SpVgg Greuther Fürth | - | MSV Duisburg | 4:3 | |
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| 14. Spieltag | 21.11.2008 | MSV Duisburg | - | FSV Frankfurt | 0:0 |
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