| 27. Spieltag | 05.01.2013 | Bristol Rovers | - | Gillingham FC | 0:2 | ||||
| 28. Spieltag | 12.01.2013 | Gillingham FC | - | Port Vale FC | 1:2 | ||||
| 30. Spieltag | 26.01.2013 | Gillingham FC | - | York City | 1:1 |  |
|||
| 25. Spieltag | 29.01.2013 | Gillingham FC | - | Northampton Town | 2:0 | ||||
| 31. Spieltag | 04.02.2013 | Gillingham FC | - | Wycombe Wanderers | 0:1 | ||||
| 34. Spieltag | 23.02.2013 | Chesterfield FC | - | Gillingham FC | 0:1 | ||||
| 35. Spieltag | 26.02.2013 | Gillingham FC | - | Oxford United | 0:1 | ||||
| 36. Spieltag | 02.03.2013 | Aldershot Town | - | Gillingham FC | 1:1 | ||||
| 37. Spieltag | 09.03.2013 | Gillingham FC | - | Plymouth Argyle | 2:1 | ||||
| 38. Spieltag | 12.03.2013 | Exeter City | - | Gillingham FC | 0:0 | ||||
| 40. Spieltag | 23.03.2013 | Gillingham FC | - | Accrington Stanley | 1:0 | ||||
| 42. Spieltag | 01.04.2013 | Gillingham FC | - | Rotherham United | 1:0 | ||||
| 43. Spieltag | 06.04.2013 | Gillingham FC | - | Torquay United | 1:0 | ||||
| 44. Spieltag | 13.04.2013 | Cheltenham Town | - | Gillingham FC | 1:0 | ||||
| 45. Spieltag | 20.04.2013 | Gillingham FC | - | AFC Wimbledon | 2:2 | ||||
| 46. Spieltag | 27.04.2013 | Burton Albion | - | Gillingham FC | 3:2 |
England