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| H | Elche CF | - | Benidorm CD | 1:1 | ||
| R | Benidorm CD | - | Elche CF | 2:1 | ||
| H: 23.09.1998 | R: 07.10.1998 | Sieger: Benidorm CD | ||||
| H | UD Las Palmas | - | SD Compostela | 2:0 | ||
| R | SD Compostela | - | UD Las Palmas | 1:0 | ||
| H: 24.09.1998 | R: 07.10.1998 | Sieger: UD Las Palmas | ||||
| H | CD Tropezón | - | UE Lleida | 0:0 | ||
| R | UE Lleida | - | CD Tropezón | 4:0 | ||
| H: 24.09.1998 | R: 07.10.1998 | Sieger: UE Lleida | ||||
| H | CD Ourense | - | Sporting Gijón | 0:0 | ||
| R | Sporting Gijón | - | CD Ourense | 4:3 i.E. | ||
| H: 24.09.1998 | R: 07.10.1998 | Sieger: Sporting Gijón | ||||
| H | CD Binéfar | - | CA Osasuna | 0:0 | ||
| R | CA Osasuna | - | CD Binéfar | 2:0 | ||
| H: 24.09.1998 | R: 07.10.1998 | Sieger: CA Osasuna | ||||
| H | UD SS Reyes | - | Albacete | 2:1 | ||
| R | Albacete | - | UD SS Reyes | 2:2 | ||
| H: 24.09.1998 | R: 07.10.1998 | Sieger: UD SS Reyes | ||||
| H | Cartagonova FC | - | Levante UD | 0:2 | ||
| R | Levante UD | - | Cartagonova FC | 4:1 | ||
| H: 24.09.1998 | R: 06.10.1998 | Sieger: Levante UD | ||||
| H | CP Cacereño | - | Sevilla FC | 0:4 | ||
| R | Sevilla FC | - | CP Cacereño | 2:2 | ||
| H: 24.09.1998 | R: 06.10.1998 | Sieger: Sevilla FC | ||||
| H | Jerez CF | - | Recreativo Huelva | 2:1 | ||
| R | Recreativo Huelva | - | Jerez CF | 0:1 | ||
| H: 24.09.1998 | R: 07.10.1998 | Sieger: Jerez CF | ||||
| H | Cádiz CF | - | Málaga CF | 1:3 | ||
| R | Málaga CF | - | Cádiz CF | 3:0 | ||
| H: 24.09.1998 | R: 07.10.1998 | Sieger: Málaga CF | ||||
| H | SD Beasain | - | CD Logroñés | 3:1 | ||
| R | CD Logroñés | - | SD Beasain | 0:0 | ||
| H: 24.09.1998 | R: 07.10.1998 | Sieger: SD Beasain | ||||
| H | Barakaldo CF | - | CD Numancia | 0:2 | ||
| R | CD Numancia | - | Barakaldo CF | 3:2 | ||
| H: 24.09.1998 | R: 07.10.1998 | Sieger: CD Numancia | ||||
| H | Talavera CF | - | CD Leganés | 0:0 | ||
| R | CD Leganés | - | Talavera CF | 1:1 | ||
| H: 24.09.1998 | R: 07.10.1998 | Sieger: Talavera CF | ||||
| H | AD Ceuta | - | CD Badajoz | 0:1 | ||
| R | CD Badajoz | - | AD Ceuta | 2:1 | ||
| H: 01.10.1998 | R: 07.10.1998 | Sieger: CD Badajoz | ||||
