# Mannschaft Sp. S. U. N. Tore Dif. Pk.
1 FC Wil 1900, Schweiz FC Wil 1900 11 7 1 3 25:23 2 22
2 AC Bellinzona, Schweiz AC Bellinzona 11 6 3 2 11:6 5 21
3 FC Aarau, Schweiz FC Aarau 11 6 2 3 18:16 2 20
4 FC Winterthur, Schweiz FC Winterthur 10 4 2 4 18:15 3 14
5 FC Chiasso, Schweiz FC Chiasso 10 3 4 3 8:10 -2 13
6 FC Wohlen, Schweiz FC Wohlen 10 3 0 7 11:20 -9 9
7 FC Lugano, Schweiz FC Lugano 11 1 3 7 11:20 -9 6
8 FC Vaduz, Liechtenstein FC Vaduz 11 2 0 9 8:19 -11 6
9 FC Locarno, Schweiz FC Locarno 10 0 5 5 7:14 -7 5
10 FC Biel/Bienne, Schweiz FC Biel/Bienne 10 0 4 6 9:24 -15 4
  Aufstieg
  Abstieg

# Beim Spiel der 2. Runde FC Wil 1900 - FC Wohlen 0:1 (0:1) am 22.07.2012 stand bei Wil der nicht einsatzberechtigte Lars Leuzinger im Kader. Die Partie wurde deshalb von der Disziplinarkommission der SFL mit 0:3 gewertet.

# Beim Spiel der 19. Runde FC Locarno - FC Lugano 0:3 (0:2) am 13.02.2013 hatte Lugano acht statt der maximal erlaubten sieben nicht lokal ausgebildeten Spieler im Kader. Die Partie wurde deshalb von der SFL mit 3:0 für Locarno gewertet.

# Dem AC Bellinzona wurde wegen Verstösse gegen das Lizenzreglement sieben Punkte abgezogen.

# Der AC Bellinzona erhielt vom Schweizer Fußballverband für die Saison 2013/2014 keine Lizenz. Der FC Locarno spielt somit trotz sportlichen Abstiegs auch in der Saison 2013/2014 in der Challenge League.