# Mannschaft Sp. S. U. N. Tore Dif. Pk.
1 FC Aarau, Schweiz FC Aarau 23 13 6 4 26:16 10 45
2 FC Biel/Bienne, Schweiz FC Biel/Bienne 23 11 6 6 24:16 8 39
3 FC Chiasso, Schweiz FC Chiasso 23 8 11 4 17:16 1 35
4 FC Wil 1900, Schweiz FC Wil 1900 23 9 5 8 28:23 5 32
5 AC Bellinzona, Schweiz AC Bellinzona 23 7 10 6 14:15 -1 31
6 FC Winterthur, Schweiz FC Winterthur 23 8 6 9 17:13 4 30
7 FC Vaduz, Liechtenstein FC Vaduz 23 7 7 9 18:21 -3 28
8 FC Lugano, Schweiz FC Lugano 23 5 9 8 15:18 -3 24
9 FC Wohlen, Schweiz FC Wohlen 23 4 7 11 12:18 -6 19
10 FC Locarno, Schweiz FC Locarno 23 3 9 10 8:23 -15 18
  Aufstieg
  Abstieg

# Beim Spiel der 2. Runde FC Wil 1900 - FC Wohlen 0:1 (0:1) am 22.07.2012 stand bei Wil der nicht einsatzberechtigte Lars Leuzinger im Kader. Die Partie wurde deshalb von der Disziplinarkommission der SFL mit 0:3 gewertet.

# Beim Spiel der 19. Runde FC Locarno - FC Lugano 0:3 (0:2) am 13.02.2013 hatte Lugano acht statt der maximal erlaubten sieben nicht lokal ausgebildeten Spieler im Kader. Die Partie wurde deshalb von der SFL mit 3:0 für Locarno gewertet.

# Dem AC Bellinzona wurde wegen Verstösse gegen das Lizenzreglement sieben Punkte abgezogen.

# Der AC Bellinzona erhielt vom Schweizer Fußballverband für die Saison 2013/2014 keine Lizenz. Der FC Locarno spielt somit trotz sportlichen Abstiegs auch in der Saison 2013/2014 in der Challenge League.