# Mannschaft Sp. S. U. N. Tore Dif. Pk.
1 FC Aarau, Schweiz FC Aarau 12 8 2 2 26:13 13 26
2 FC Biel/Bienne, Schweiz FC Biel/Bienne 12 7 2 3 26:14 12 23
3 FC Winterthur, Schweiz FC Winterthur 11 7 2 2 18:9 9 23
4 AC Bellinzona, Schweiz AC Bellinzona 11 7 1 3 17:14 3 22
5 FC Vaduz, Liechtenstein FC Vaduz 11 5 4 2 19:10 9 19
6 FC Wil 1900, Schweiz FC Wil 1900 12 6 1 5 20:15 5 19
7 FC Lugano, Schweiz FC Lugano 11 5 3 3 20:11 9 18
8 FC Chiasso, Schweiz FC Chiasso 12 4 2 6 13:18 -5 14
9 FC Wohlen, Schweiz FC Wohlen 11 1 7 3 8:10 -2 10
10 FC Locarno, Schweiz FC Locarno 12 2 1 9 9:24 -15 7
  Aufstieg
  Abstieg

# Beim Spiel der 2. Runde FC Wil 1900 - FC Wohlen 0:1 (0:1) am 22.07.2012 stand bei Wil der nicht einsatzberechtigte Lars Leuzinger im Kader. Die Partie wurde deshalb von der Disziplinarkommission der SFL mit 0:3 gewertet.

# Beim Spiel der 19. Runde FC Locarno - FC Lugano 0:3 (0:2) am 13.02.2013 hatte Lugano acht statt der maximal erlaubten sieben nicht lokal ausgebildeten Spieler im Kader. Die Partie wurde deshalb von der SFL mit 3:0 für Locarno gewertet.

# Dem AC Bellinzona wurde wegen Verstösse gegen das Lizenzreglement sieben Punkte abgezogen.

# Der AC Bellinzona erhielt vom Schweizer Fußballverband für die Saison 2013/2014 keine Lizenz. Der FC Locarno spielt somit trotz sportlichen Abstiegs auch in der Saison 2013/2014 in der Challenge League.