# Mannschaft Sp. S. U. N. Tore Dif. Pk.
1 FC Aarau, Schweiz FC Aarau 25 16 4 5 50:30 20 52
2 AC Bellinzona, Schweiz AC Bellinzona 25 16 4 5 39:21 18 45
3 FC Winterthur, Schweiz FC Winterthur 25 13 4 8 44:31 13 43
4 FC Wil 1900, Schweiz FC Wil 1900 25 13 3 9 46:47 -1 42
5 FC Chiasso, Schweiz FC Chiasso 25 9 6 10 27:33 -6 33
6 FC Biel/Bienne, Schweiz FC Biel/Bienne 25 8 6 11 38:43 -5 30
7 FC Lugano, Schweiz FC Lugano 25 7 8 10 36:35 1 29
8 FC Vaduz, Liechtenstein FC Vaduz 25 8 5 12 34:36 -2 29
9 FC Wohlen, Schweiz FC Wohlen 25 6 7 12 24:35 -11 25
10 FC Locarno, Schweiz FC Locarno 25 2 7 16 17:44 -27 13
  Aufstieg
  Abstieg

# Beim Spiel der 2. Runde FC Wil 1900 - FC Wohlen 0:1 (0:1) am 22.07.2012 stand bei Wil der nicht einsatzberechtigte Lars Leuzinger im Kader. Die Partie wurde deshalb von der Disziplinarkommission der SFL mit 0:3 gewertet.

# Beim Spiel der 19. Runde FC Locarno - FC Lugano 0:3 (0:2) am 13.02.2013 hatte Lugano acht statt der maximal erlaubten sieben nicht lokal ausgebildeten Spieler im Kader. Die Partie wurde deshalb von der SFL mit 3:0 für Locarno gewertet.

# Dem AC Bellinzona wurde wegen Verstösse gegen das Lizenzreglement sieben Punkte abgezogen.

# Der AC Bellinzona erhielt vom Schweizer Fußballverband für die Saison 2013/2014 keine Lizenz. Der FC Locarno spielt somit trotz sportlichen Abstiegs auch in der Saison 2013/2014 in der Challenge League.