| 20. Spieltag | 04.02.2007 | 1. FC Köln | - | FC Carl Zeiss Jena | 1:0 | ||||
| 21. Spieltag | 09.02.2007 | Eintracht Braunschweig | - | 1. FC Köln | 0:1 | ||||
| 22. Spieltag | 18.02.2007 | Rot-Weiss Essen | - | 1. FC Köln | 5:0 | ||||
| 24. Spieltag | 05.03.2007 | Karlsruher SC | - | 1. FC Köln | 2:1 | ||||
| 25. Spieltag | 11.03.2007 | 1. FC Köln | - | SpVgg Unterhaching | 4:1 | ||||
| 30. Spieltag | 20.04.2007 | TSV 1860 München | - | 1. FC Köln | 3:1 | ||||
| 31. Spieltag | 29.04.2007 | 1. FC Köln | - | SpVgg Greuther Fürth | 0:2 | ||||
| 32. Spieltag | 07.05.2007 | MSV Duisburg | - | 1. FC Köln | 1:3 | ||||
| 33. Spieltag | 13.05.2007 | 1. FC Köln | - | Kickers Offenbach | 2:2 | ||||
| 34. Spieltag | 20.05.2007 | 1. FC Kaiserslautern | - | 1. FC Köln | 2:2 |
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