| 19. Spieltag | 08.02.2009 | 1. FSV Mainz 05 | - | TSV 1860 München | 2:2 |  |
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| 20. Spieltag | 15.02.2009 | VfL Osnabrück | - | 1. FSV Mainz 05 | 1:3 |  |
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| 21. Spieltag | 20.02.2009 | 1. FSV Mainz 05 | - | Hansa Rostock | 3:1 | ||||
| 22. Spieltag | 27.02.2009 | 1. FC Nürnberg | - | 1. FSV Mainz 05 | 0:0 | ||||
| 25. Spieltag | 22.03.2009 | 1. FSV Mainz 05 | - | Alemannia Aachen | 1:4 | ||||
| 26. Spieltag | 03.04.2009 | MSV Duisburg | - | 1. FSV Mainz 05 | 0:1 | ||||
| 27. Spieltag | 13.04.2009 | 1. FSV Mainz 05 | - | SC Freiburg | 1:2 | ||||
| 28. Spieltag | 17.04.2009 | 1. FSV Mainz 05 | - | Rot Weiss Ahlen | 0:0 | ||||
| 29. Spieltag | 26.04.2009 | FC Ingolstadt 04 | - | 1. FSV Mainz 05 | 3:4 | ||||
| 31. Spieltag | 10.05.2009 | FC St. Pauli | - | 1. FSV Mainz 05 | 2:0 | ||||
| 32. Spieltag | 13.05.2009 | 1. FSV Mainz 05 | - | FSV Frankfurt | 2:1 |
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