| 15. Spieltag | 01.12.2006 | SC Paderborn 07 | - | SC Freiburg | 1:1 | ||||
| 17. Spieltag | 17.12.2006 | SC Paderborn 07 | - | Wacker Burghausen | 1:1 | ||||
| 18. Spieltag | 21.01.2007 | SC Paderborn 07 | - | Eintracht Braunschweig | 0:0 | ||||
| 19. Spieltag | 30.01.2007 | FC Augsburg | - | SC Paderborn 07 | 0:1 | ||||
| 20. Spieltag | 04.02.2007 | SC Paderborn 07 | - | 1. FC Kaiserslautern | 0:1 | ||||
| 21. Spieltag | 11.02.2007 | Kickers Offenbach | - | SC Paderborn 07 | 0:2 | ||||
| 22. Spieltag | 18.02.2007 | SC Paderborn 07 | - | FC Carl Zeiss Jena | 0:1 | ||||
| 26. Spieltag | 18.03.2007 | SpVgg Unterhaching | - | SC Paderborn 07 | 0:3 | ||||
| 28. Spieltag | 05.04.2007 | Hansa Rostock | - | SC Paderborn 07 | 2:0 | ||||
| 30. Spieltag | 22.04.2007 | SpVgg Greuther Fürth | - | SC Paderborn 07 | 3:0 | ||||
| 32. Spieltag | 04.05.2007 | SC Freiburg | - | SC Paderborn 07 | 0:1 | ||||
| 33. Spieltag | 13.05.2007 | SC Paderborn 07 | - | MSV Duisburg | 0:3 |
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