| 9. Spieltag | 13.10.2012 | Villarreal CF | - | SD Huesca | 1:1 | ||||
| 23. Spieltag | 25.01.2013 | Villarreal CF | - | CE Sabadell | 3:0 | ||||
| 24. Spieltag | 02.02.2013 | CD Guadalajara | - | Villarreal CF | 0:0 | ||||
| 32. Spieltag | 31.03.2013 | CD Mirandés | - | Villarreal CF | 1:5 | ||||
| 33. Spieltag | 07.04.2013 | Villarreal CF | - | CD Numancia | 6:1 |  |
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| 34. Spieltag | 14.04.2013 | Real Murcia | - | Villarreal CF | 1:1 | ||||
| 35. Spieltag | 21.04.2013 | Villarreal CF | - | Racing Santander | 1:0 | ||||
| 37. Spieltag | 05.05.2013 | Villarreal CF | - | Elche CF | 2:3 | ||||
| 38. Spieltag | 12.05.2013 | AD Alcorcón | - | Villarreal CF | 1:3 | |
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| 39. Spieltag | 18.05.2013 | Villarreal CF | - | Girona FC | 4:1 | ||||
| 40. Spieltag | 27.05.2013 | Villarreal CF | - | Xerez CD | 3:2 |  |
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| 42. Spieltag | 08.06.2013 | Villarreal CF | - | UD Almería | 1:0 |  |
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