| 21. Spieltag | 10.02.2013 | FC Ingolstadt 04 | - | SC Paderborn 07 | 1:3 |  |
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| 22. Spieltag | 16.02.2013 | 1. FC Union Berlin | - | FC Ingolstadt 04 | 1:1 | ||||
| 23. Spieltag | 23.02.2013 | FC Ingolstadt 04 | - | Dynamo Dresden | 1:1 | ||||
| 24. Spieltag | 03.03.2013 | TSV 1860 München | - | FC Ingolstadt 04 | 1:1 | ||||
| 26. Spieltag | 17.03.2013 | 1. FC Kaiserslautern | - | FC Ingolstadt 04 | 3:0 |  |
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| 28. Spieltag | 05.04.2013 | VfR Aalen | - | FC Ingolstadt 04 | 2:1 | ||||
| 31. Spieltag | 26.04.2013 | FC Ingolstadt 04 | - | Eintracht Braunschweig | 0:1 |
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