| 1. Spieltag | 17.08.2008 | FC Ingolstadt 04 | - | SpVgg Greuther Fürth | 3:2 | ||||
| 3. Spieltag | 29.08.2008 | FC Ingolstadt 04 | - | 1. FC Kaiserslautern | 1:3 | ||||
| 5. Spieltag | 21.09.2008 | FC Ingolstadt 04 | - | VfL Osnabrück | 2:1 |  |
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| 8. Spieltag | 19.10.2008 | MSV Duisburg | - | FC Ingolstadt 04 | 6:1 | |
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| 9. Spieltag | 24.10.2008 | FC Ingolstadt 04 | - | FC Augsburg | 1:2 | |
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| 11. Spieltag | 02.11.2008 | FC Ingolstadt 04 | - | SC Freiburg | 4:0 | ||||
| 14. Spieltag | 21.11.2008 | Rot Weiss Ahlen | - | FC Ingolstadt 04 | 3:0 | ||||
| 16. Spieltag | 05.12.2008 | FC Ingolstadt 04 | - | FSV Frankfurt | 1:1 | |
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| 17. Spieltag | 12.12.2008 | TuS Koblenz | - | FC Ingolstadt 04 | 0:1 | ||||
| 18. Spieltag | 01.02.2009 | SpVgg Greuther Fürth | - | FC Ingolstadt 04 | 6:1 | ||||
| 19. Spieltag | 08.02.2009 | FC Ingolstadt 04 | - | Rot-Weiß Oberhausen | 0:0 | ||||
| 20. Spieltag | 15.02.2009 | 1. FC Kaiserslautern | - | FC Ingolstadt 04 | 2:0 | |
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| 22. Spieltag | 01.03.2009 | VfL Osnabrück | - | FC Ingolstadt 04 | 1:0 | ||||
| 23. Spieltag | 08.03.2009 | FC Ingolstadt 04 | - | TSV 1860 München | 2:3 | ||||
| 25. Spieltag | 22.03.2009 | FC Ingolstadt 04 | - | MSV Duisburg | 0:0 |
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