| 18. Spieltag | 13.02.2000 | Fortuna Köln | - | Energie Cottbus | 2:0 | ||||
| 19. Spieltag | 21.02.2000 | Energie Cottbus | - | Rot-Weiß Oberhausen | 0:1 | ||||
| 20. Spieltag | 26.02.2000 | 1. FSV Mainz 05 | - | Energie Cottbus | 1:0 | ||||
| 21. Spieltag | 03.03.2000 | Energie Cottbus | - | SpVgg Greuther Fürth | 4:2 | ||||
| 22. Spieltag | 10.03.2000 | 1. FC Nürnberg | - | Energie Cottbus | 1:1 |  |
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| 23. Spieltag | 19.03.2000 | Energie Cottbus | - | Stuttgarter Kickers | 1:0 | ||||
| 24. Spieltag | 27.03.2000 | Chemnitzer FC | - | Energie Cottbus | 1:2 | |
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| 25. Spieltag | 03.04.2000 | Energie Cottbus | - | VfL Bochum | 1:1 | ||||
| 26. Spieltag | 07.04.2000 | Hannover 96 | - | Energie Cottbus | 3:2 | |
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| 27. Spieltag | 15.04.2000 | Energie Cottbus | - | TeBe Berlin | 2:0 | |
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| 28. Spieltag | 23.04.2000 | Karlsruher SC | - | Energie Cottbus | 1:0 | ||||
| 31. Spieltag | 14.05.2000 | Energie Cottbus | - | Waldhof Mannheim | 3:2 | ||||
| 33. Spieltag | 21.05.2000 | Kickers Offenbach | - | Energie Cottbus | 1:2 | |
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| 34. Spieltag | 26.05.2000 | Energie Cottbus | - | 1. FC Köln | 2:0 |
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