| 1. Spieltag | 08.08.2009 | Fortuna Düsseldorf | - | SC Paderborn 07 | 3:0 | ||||
| 19. Spieltag | 24.01.2010 | Karlsruher SC | - | SC Paderborn 07 | 1:2 | ||||
| 20. Spieltag | 31.01.2010 | SC Paderborn 07 | - | FSV Frankfurt | 0:2 | ||||
| 21. Spieltag | 07.02.2010 | 1. FC Kaiserslautern | - | SC Paderborn 07 | 3:0 | ||||
| 22. Spieltag | 12.02.2010 | SC Paderborn 07 | - | 1. FC Union Berlin | 3:0 | ||||
| 23. Spieltag | 21.02.2010 | Energie Cottbus | - | SC Paderborn 07 | 1:2 | ||||
| 24. Spieltag | 26.02.2010 | SC Paderborn 07 | - | TSV 1860 München | 3:1 | ||||
| 25. Spieltag | 07.03.2010 | FC Augsburg | - | SC Paderborn 07 | 3:0 | ||||
| 26. Spieltag | 14.03.2010 | SC Paderborn 07 | - | Hansa Rostock | 2:2 | ||||
| 33. Spieltag | 02.05.2010 | SC Paderborn 07 | - | Alemannia Aachen | 2:1 |
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