1. Spieltag 02.08.2003 Bayern München II - Rot-Weiß Erfurt 2:0
2. Spieltag 08.08.2003 1. FC Schweinfurt 05 - Bayern München II 0:2 Tor
3. Spieltag 17.08.2003 Bayern München II - 1. FC Saarbrücken 1:1
5. Spieltag 30.08.2003 1. SC Feucht - Bayern München II 1:2
6. Spieltag 07.09.2003 Bayern München II - Sportfreunde Siegen 4:1
8. Spieltag 21.09.2003 Bayern München II - 1. FC Kaiserslautern II 3:0
10. Spieltag 05.10.2003 Bayern München II - 1. FC Eschborn 1:1
11. Spieltag 11.10.2003 SV 07 Elversberg - Bayern München II 2:2
12. Spieltag 18.10.2003 Bayern München II - FC Augsburg 0:0
13. Spieltag 24.10.2003 TSG Hoffenheim - Bayern München II 2:2
14. Spieltag 02.11.2003 Bayern München II - SC Pfullendorf 5:1
15. Spieltag 09.11.2003 VfB Stuttgart II - Bayern München II 1:3 Tor
16. Spieltag 15.11.2003 Bayern München II - 1. FSV Mainz 05 II 2:2
18. Spieltag 18.11.2003 Rot-Weiß Erfurt - Bayern München II 0:3 Tor
17. Spieltag 22.11.2003 SV Wehen-Taunusstein - Bayern München II 0:0
19. Spieltag 20.02.2004 Bayern München II - 1. FC Schweinfurt 05 0:1
20. Spieltag 27.02.2004 1. FC Saarbrücken - Bayern München II 1:1
21. Spieltag 07.03.2004 Bayern München II - VfR Aalen 3:3
22. Spieltag 12.03.2004 Bayern München II - 1. SC Feucht 0:2
23. Spieltag 19.03.2004 Sportfreunde Siegen - Bayern München II 2:2 gelbe Karte
25. Spieltag 04.04.2004 1. FC Kaiserslautern II - Bayern München II 1:4 gelb-rote Karte
24. Spieltag 14.04.2004 Bayern München II - Stuttgarter Kickers 0:2 gelbe Karte
30. Spieltag 09.05.2004 Bayern München II - TSG Hoffenheim 6:2 Tor
31. Spieltag 15.05.2004 SC Pfullendorf - Bayern München II 0:1
32. Spieltag 23.05.2004 Bayern München II - VfB Stuttgart II 1:0
33. Spieltag 29.05.2004 1. FSV Mainz 05 II - Bayern München II 0:3
34. Spieltag 05.06.2004 Bayern München II - SV Wehen-Taunusstein 1:0