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| # | Mannschaft | Sp. | S. | U. | N. | Tore | Dif. | Pk. | |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 |
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FC Flora | 11 | 9 | 2 | 0 | 35:5 | 30 | 29 |
| 2 |
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JK Nõmme Kalju | 12 | 8 | 2 | 2 | 30:11 | 19 | 26 |
| 3 |
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FC Levadia | 13 | 7 | 4 | 2 | 24:13 | 11 | 25 |
| 4 |
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FC Infonet | 11 | 6 | 1 | 4 | 24:14 | 10 | 19 |
| 5 |
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JK Tammeka | 12 | 3 | 3 | 6 | 14:21 | -7 | 12 |
| 6 |
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Paide Linnameeskond | 12 | 3 | 3 | 6 | 14:32 | -18 | 12 |
| 7 |
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JK Narva Trans | 12 | 3 | 2 | 7 | 16:23 | -7 | 11 |
| 8 |
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JK Sillamäe Kalev | 15 | 3 | 2 | 10 | 18:36 | -18 | 11 |
| 9 |
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Tulevik Viljandi | 11 | 2 | 0 | 9 | 8:40 | -32 | 6 |
| 10 |
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Pärnu JK Vaprus | 11 | 1 | 0 | 10 | 9:51 | -42 | 3 |
| Champions League Quali. | |
| Abstieg |
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# Pärnu Linnameskond wurde am 11. Januar 2017 aufgelöst. Die Erstligalizenz ging an Pärnu JK Vaprus. # JK Sillamäe Kalev steht am Ende der Saison 2017 als einziger Absteiger durch Lizenzentzug fest. |
