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| # | Mannschaft | Sp. | S. | U. | N. | Tore | Dif. | Pk. | |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 |
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FC Flora | 15 | 13 | 2 | 0 | 43:8 | 35 | 41 |
| 2 |
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JK Nõmme Kalju | 16 | 10 | 3 | 3 | 36:14 | 22 | 33 |
| 3 |
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FC Levadia | 16 | 9 | 5 | 2 | 38:14 | 24 | 32 |
| 4 |
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FC Infonet | 14 | 8 | 2 | 4 | 32:18 | 14 | 26 |
| 5 |
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JK Narva Trans | 16 | 6 | 2 | 8 | 23:27 | -4 | 20 |
| 6 |
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JK Tammeka | 15 | 3 | 4 | 8 | 17:28 | -11 | 13 |
| 7 |
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Paide Linnameeskond | 15 | 3 | 4 | 8 | 16:42 | -26 | 13 |
| 8 |
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JK Sillamäe Kalev | 17 | 3 | 3 | 11 | 19:42 | -23 | 12 |
| 9 |
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Tulevik Viljandi | 16 | 3 | 1 | 12 | 15:56 | -41 | 10 |
| 10 |
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Pärnu JK Vaprus | 15 | 1 | 0 | 14 | 11:67 | -56 | 3 |
| Champions League Quali. | |
| Abstieg |
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# Pärnu Linnameskond wurde am 11. Januar 2017 aufgelöst. Die Erstligalizenz ging an Pärnu JK Vaprus. # JK Sillamäe Kalev steht am Ende der Saison 2017 als einziger Absteiger durch Lizenzentzug fest. |
