1. Spieltag 14.08.2006 FC Augsburg - 1. FC Köln 0:2
2. Spieltag 20.08.2006 1. FC Köln - Wacker Burghausen 5:1
3. Spieltag 25.08.2006 FC Carl Zeiss Jena - 1. FC Köln 3:2
5. Spieltag 25.09.2006 1. FC Köln - Rot-Weiss Essen 1:0
6. Spieltag 29.09.2006 SC Paderborn 07 - 1. FC Köln 2:0
7. Spieltag 16.10.2006 1. FC Köln - Karlsruher SC 1:1
8. Spieltag 20.10.2006 SpVgg Unterhaching - 1. FC Köln 0:0
9. Spieltag 29.10.2006 1. FC Köln - Hansa Rostock 2:2
10. Spieltag 03.11.2006 TuS Koblenz - 1. FC Köln 3:1
11. Spieltag 08.11.2006 1. FC Köln - Erzgebirge Aue 0:1
12. Spieltag 12.11.2006 SC Freiburg - 1. FC Köln 0:0
14. Spieltag 26.11.2006 SpVgg Greuther Fürth - 1. FC Köln 1:2
15. Spieltag 04.12.2006 1. FC Köln - MSV Duisburg 1:3 gelbe Karte
16. Spieltag 10.12.2006 Kickers Offenbach - 1. FC Köln 2:0
17. Spieltag 15.12.2006 1. FC Köln - 1. FC Kaiserslautern 2:2
18. Spieltag 21.01.2007 1. FC Köln - FC Augsburg 1:1
21. Spieltag 09.02.2007 Eintracht Braunschweig - 1. FC Köln 0:1
22. Spieltag 18.02.2007 Rot-Weiss Essen - 1. FC Köln 5:0
23. Spieltag 25.02.2007 1. FC Köln - SC Paderborn 07 1:1
24. Spieltag 05.03.2007 Karlsruher SC - 1. FC Köln 2:1
25. Spieltag 11.03.2007 1. FC Köln - SpVgg Unterhaching 4:1
26. Spieltag 19.03.2007 Hansa Rostock - 1. FC Köln 1:1
27. Spieltag 01.04.2007 1. FC Köln - TuS Koblenz 3:1
28. Spieltag 05.04.2007 Erzgebirge Aue - 1. FC Köln 0:1
29. Spieltag 15.04.2007 1. FC Köln - SC Freiburg 0:3
30. Spieltag 20.04.2007 TSV 1860 München - 1. FC Köln 3:1
31. Spieltag 29.04.2007 1. FC Köln - SpVgg Greuther Fürth 0:2