| 24. Spieltag | 02.02.2013 | Preußen Münster | - | SV Wehen Wiesbaden | 0:0 |  |
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| 33. Spieltag | 13.04.2013 | Kickers Offenbach | - | Preußen Münster | 0:1 | ||||
| 27. Spieltag | 16.04.2013 | VfB Stuttgart II | - | Preußen Münster | 0:1 | ||||
| 34. Spieltag | 20.04.2013 | Preußen Münster | - | Karlsruher SC | 2:1 | ||||
| 35. Spieltag | 27.04.2013 | Rot-Weiß Erfurt | - | Preußen Münster | 1:1 | ||||
| 36. Spieltag | 04.05.2013 | Preußen Münster | - | Stuttgarter Kickers | 0:1 | ||||
| 37. Spieltag | 11.05.2013 | SpVgg Unterhaching | - | Preußen Münster | 3:0 |
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