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| 12.04.2013 | 19:00 | Alemannia Aachen | - | Hansa Rostock | 3:4 (2:1) | |
| 13.04.2013 | 14:00 | Karlsruher SC | - | SV Babelsberg 03 | 2:1 (1:0) | |
| 14:00 | Rot-Weiß Erfurt | - | SpVgg Unterhaching | 1:0 (0:0) | ||
| 14:00 | Wacker Burghausen | - | Stuttgarter Kickers | 1:4 (1:1) | ||
| 14:00 | VfB Stuttgart II | - | Hallescher FC | 3:0 (0:0) | ||
| 14:00 | VfL Osnabrück | - | 1. FC Heidenheim 1846 | 2:2 (1:1) | ||
| 14:00 | Arminia Bielefeld | - | SV Wehen Wiesbaden | 3:1 (1:1) | ||
| 14:00 | Borussia Dortmund II | - | SV Darmstadt 98 | 1:0 (0:0) | ||
| 14:00 | 1. FC Saarbrücken | - | Chemnitzer FC | 2:0 (1:0) | ||
| 14:00 | Kickers Offenbach | - | Preußen Münster | 0:1 (0:0) |
| » Tabelle | Heim | Auswärts | Hinrunde | Rückrunde | 1. Halbzeit | 2. Halbzeit |
| # | Mannschaft | Sp. | S. | U. | N. | Tore | Dif. | Pk. | |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 |
|
Karlsruher SC | 33 | 20 | 9 | 4 | 58:21 | 37 | 69 |
| 2 |
|
Arminia Bielefeld | 33 | 19 | 10 | 4 | 55:27 | 28 | 67 |
| 3 |
|
Preußen Münster | 33 | 18 | 11 | 4 | 56:26 | 30 | 65 |
| 4 |
|
VfL Osnabrück | 33 | 18 | 7 | 8 | 55:33 | 22 | 61 |
| 5 |
|
1. FC Heidenheim 1846 | 33 | 18 | 7 | 8 | 60:43 | 17 | 61 |
| 6 |
|
Chemnitzer FC | 33 | 13 | 9 | 11 | 46:40 | 6 | 48 |
| 7 |
|
SpVgg Unterhaching | 33 | 13 | 8 | 12 | 42:43 | -1 | 47 |
| 8 |
|
SV Wehen Wiesbaden | 33 | 8 | 18 | 7 | 41:42 | -1 | 42 |
| 9 |
|
VfB Stuttgart II | 33 | 11 | 9 | 13 | 33:34 | -1 | 42 |
| 10 |
|
Wacker Burghausen | 33 | 11 | 8 | 14 | 37:43 | -6 | 41 |
| 11 |
|
1. FC Saarbrücken | 33 | 11 | 8 | 14 | 46:53 | -7 | 41 |
| 12 |
|
Hallescher FC | 33 | 10 | 9 | 14 | 30:43 | -13 | 39 |
| 13 |
|
Rot-Weiß Erfurt | 33 | 10 | 8 | 15 | 38:51 | -13 | 38 |
| 14 |
|
Kickers Offenbach | 33 | 10 | 9 | 14 | 38:38 | 0 | 37 |
| 15 |
|
Hansa Rostock | 33 | 10 | 7 | 16 | 33:48 | -15 | 37 |
| 16 |
|
Borussia Dortmund II | 33 | 8 | 12 | 13 | 33:50 | -17 | 36 |
| 17 |
|
SV Babelsberg 03 | 33 | 8 | 9 | 16 | 26:42 | -16 | 33 |
| 18 |
|
Stuttgarter Kickers | 33 | 8 | 7 | 18 | 33:44 | -11 | 31 |
| 19 |
|
SV Darmstadt 98 | 33 | 6 | 13 | 14 | 24:40 | -16 | 31 |
| 20 |
|
Alemannia Aachen | 33 | 6 | 10 | 17 | 33:56 | -23 | 23 |
| Aufstieg | |
| Relegation | |
| Abstieg | |
| Abstieg |
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# Nach Beendigung der Saison werden Alemannia Aachen und Kickers Offenbach aufgrund von Verstößen im Rahmen des wirtschaftlichen Zulassungsverfahrens jeweils 2 Punkte abgezogen. # Alemannia Aachen wurde zudem aufgrund der nicht fristgerechten Rückzahlung von 200.000 Euro aus dem DFB-Kautionsfond mit einem Abzug von weiteren drei Punkten bestraft. # Kickers Offenbach wurde vom DFB die Lizenz für die Drittligasaison 2013/2014 verweigert. Dem SV Darmstadt 98 blieb infolgedessen der Abstieg in die Regionalliga erspart. |
