| 20. Spieltag | 06.02.2016 | Fortuna Düsseldorf | - | 1. FC Heidenheim 1846 | 0:1 | ||||
| 21. Spieltag | 13.02.2016 | 1. FC Heidenheim 1846 | - | SV Sandhausen | 1:1 |  |
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| 22. Spieltag | 20.02.2016 | 1. FC Kaiserslautern | - | 1. FC Heidenheim 1846 | 2:2 |  |
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| 23. Spieltag | 28.02.2016 | 1. FC Heidenheim 1846 | - | Arminia Bielefeld | 3:2 | ||||
| 24. Spieltag | 02.03.2016 | RB Leipzig | - | 1. FC Heidenheim 1846 | 3:1 | ||||
| 25. Spieltag | 06.03.2016 | 1. FC Heidenheim 1846 | - | FC St. Pauli | 2:0 | |
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| 26. Spieltag | 13.03.2016 | Karlsruher SC | - | 1. FC Heidenheim 1846 | 0:0 | ||||
| 27. Spieltag | 18.03.2016 | 1. FC Heidenheim 1846 | - | FSV Frankfurt | 2:2 | |
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| 28. Spieltag | 01.04.2016 | MSV Duisburg | - | 1. FC Heidenheim 1846 | 0:2 | ||||
| 31. Spieltag | 23.04.2016 | 1. FC Heidenheim 1846 | - | SC Paderborn 07 | 1:1 | ||||
| 32. Spieltag | 30.04.2016 | SpVgg Greuther Fürth | - | 1. FC Heidenheim 1846 | 0:2 | |
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| 33. Spieltag | 08.05.2016 | SC Freiburg | - | 1. FC Heidenheim 1846 | 2:0 | ||||
| 34. Spieltag | 15.05.2016 | 1. FC Heidenheim 1846 | - | VfL Bochum | 2:4 |
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