| 14. Spieltag | 18.11.2012 | Jahn Regensburg | - | 1. FC Union Berlin | 3:3 | ||||
| 15. Spieltag | 23.11.2012 | Jahn Regensburg | - | VfR Aalen | 1:3 | ||||
| 16. Spieltag | 27.11.2012 | 1. FC Kaiserslautern | - | Jahn Regensburg | 1:1 | ||||
| 17. Spieltag | 30.11.2012 | Jahn Regensburg | - | Dynamo Dresden | 0:0 | ||||
| 18. Spieltag | 09.12.2012 | Jahn Regensburg | - | TSV 1860 München | 1:1 |  |
|||
| 19. Spieltag | 16.12.2012 | MSV Duisburg | - | Jahn Regensburg | 4:2 | ||||
| 20. Spieltag | 03.02.2013 | Jahn Regensburg | - | Hertha BSC | 1:5 | ||||
| 23. Spieltag | 24.02.2013 | Energie Cottbus | - | Jahn Regensburg | 1:1 | ||||
| 25. Spieltag | 08.03.2013 | FC St. Pauli | - | Jahn Regensburg | 3:2 | ||||
| 26. Spieltag | 17.03.2013 | Jahn Regensburg | - | Erzgebirge Aue | 1:1 | |
|||
| 27. Spieltag | 31.03.2013 | 1. FC Köln | - | Jahn Regensburg | 2:1 | ||||
| 28. Spieltag | 06.04.2013 | Jahn Regensburg | - | FSV Frankfurt | 1:4 | |
|||
| 33. Spieltag | 12.05.2013 | Jahn Regensburg | - | 1. FC Kaiserslautern | 1:3 | ||||
| 34. Spieltag | 19.05.2013 | Dynamo Dresden | - | Jahn Regensburg | 3:1 | |
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