| 31. Spieltag | 04.02.2006 | Yeovil Town | - | Southend United | 0:2 | ||||
| 32. Spieltag | 10.02.2006 | Southend United | - | Rotherham United | 2:0 | ||||
| 33. Spieltag | 14.02.2006 | Brentford FC | - | Southend United | 2:0 | ||||
| 34. Spieltag | 18.02.2006 | Chesterfield FC | - | Southend United | 3:4 | ||||
| 35. Spieltag | 25.02.2006 | Southend United | - | Walsall FC | 0:0 | ||||
| 36. Spieltag | 04.03.2006 | Colchester United | - | Southend United | 0:3 | ||||
| 37. Spieltag | 10.03.2006 | Southend United | - | Scunthorpe United | 3:0 |  |
|||
| 38. Spieltag | 18.03.2006 | Milton Keynes Dons | - | Southend United | 2:1 | ||||
| 39. Spieltag | 25.03.2006 | Southend United | - | Hartlepool United | 3:0 |  |
|||
| 41. Spieltag | 08.04.2006 | Southend United | - | Blackpool FC | 2:1 | ||||
| 42. Spieltag | 14.04.2006 | Southend United | - | Gillingham FC | 0:1 | ||||
| 43. Spieltag | 17.04.2006 | Barnsley FC | - | Southend United | 2:2 | ||||
| 44. Spieltag | 22.04.2006 | Southend United | - | Doncaster Rovers | 0:1 | ||||
| 45. Spieltag | 29.04.2006 | Swansea City | - | Southend United | 2:2 | ||||
| 46. Spieltag | 06.05.2006 | Southend United | - | Bristol City | 1:0 |
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