| 1. Spieltag | 26.07.2008 | Jahn Regensburg | - | FC Carl Zeiss Jena | 2:2 | ||||
| 2. Spieltag | 02.08.2008 | VfR Aalen | - | Jahn Regensburg | 1:1 |  |
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| 7. Spieltag | 20.09.2008 | Jahn Regensburg | - | SpVgg Unterhaching | 1:2 |  |
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| 9. Spieltag | 04.10.2008 | Wacker Burghausen | - | Jahn Regensburg | 0:1 | ||||
| 10. Spieltag | 18.10.2008 | Jahn Regensburg | - | Erzgebirge Aue | 1:4 | ||||
| 11. Spieltag | 25.10.2008 | Rot-Weiß Erfurt | - | Jahn Regensburg | 4:1 | |
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| 18. Spieltag | 06.12.2008 | Jahn Regensburg | - | Dynamo Dresden | 1:0 | ||||
| 19. Spieltag | 13.12.2008 | Eintracht Braunschweig | - | Jahn Regensburg | 0:3 | ||||
| 20. Spieltag | 20.12.2008 | FC Carl Zeiss Jena | - | Jahn Regensburg | 0:0 | |
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| 23. Spieltag | 18.03.2009 | Jahn Regensburg | - | SC Paderborn 07 | 0:4 | ||||
| 27. Spieltag | 21.03.2009 | Jahn Regensburg | - | SV Sandhausen | 2:1 | ||||
| 28. Spieltag | 28.03.2009 | Jahn Regensburg | - | Wacker Burghausen | 1:0 | ||||
| 30. Spieltag | 07.04.2009 | Jahn Regensburg | - | Rot-Weiß Erfurt | 1:0 | ||||
| 31. Spieltag | 11.04.2009 | Kickers Emden | - | Jahn Regensburg | 0:0 | ||||
| 33. Spieltag | 24.04.2009 | VfB Stuttgart II | - | Jahn Regensburg | 1:2 | ||||
| 34. Spieltag | 02.05.2009 | Jahn Regensburg | - | Kickers Offenbach | 1:1 |
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