# Mannschaft Sp. S. U. N. Tore Dif. Pk.
1 SC Paderborn 07, Deutschland SC Paderborn 07 7 5 1 1 14:8 6 16
2 Kickers Emden, Deutschland Kickers Emden 7 5 1 1 12:6 6 16
3 Bayern München II, Deutschland Bayern München II 7 4 3 0 9:5 4 15
4 SpVgg Unterhaching, Deutschland SpVgg Unterhaching 7 4 2 1 11:7 4 14
5 Fortuna Düsseldorf, Deutschland Fortuna Düsseldorf 7 4 1 2 11:7 4 13
6 Rot-Weiß Erfurt, Deutschland Rot-Weiß Erfurt 7 4 1 2 11:8 3 13
7 1. FC Union Berlin, Deutschland 1. FC Union Berlin 7 3 3 1 11:5 6 12
8 SV Sandhausen, Deutschland SV Sandhausen 7 4 0 3 14:10 4 12
9 VfB Stuttgart II, Deutschland VfB Stuttgart II 7 3 2 2 14:5 9 11
10 Kickers Offenbach, Deutschland Kickers Offenbach 7 2 3 2 9:11 -2 9
11 Wacker Burghausen, Deutschland Wacker Burghausen 7 3 0 4 13:16 -3 9
12 Eintracht Braunschweig, Deutschland Eintracht Braunschweig 7 2 2 3 8:8 0 8
13 Wuppertaler SV, Deutschland Wuppertaler SV 7 2 2 3 7:10 -3 8
14 Dynamo Dresden, Deutschland Dynamo Dresden 7 2 1 4 5:7 -2 7
15 Werder Bremen II, Deutschland Werder Bremen II 7 2 1 4 10:14 -4 7
16 VfR Aalen, Deutschland VfR Aalen 7 1 4 2 5:9 -4 7
17 Jahn Regensburg, Deutschland Jahn Regensburg 7 1 3 3 8:12 -4 6
18 FC Carl Zeiss Jena, Deutschland FC Carl Zeiss Jena 7 1 2 4 9:17 -8 5
19 Erzgebirge Aue, Deutschland Erzgebirge Aue 7 1 1 5 6:13 -7 4
20 Stuttgarter Kickers, Deutschland Stuttgarter Kickers 7 0 1 6 4:13 -9 -2
  Aufstieg
  Relegation
  Abstieg

# Den Stuttgarter Kickers wurden drei Punkte wegen eines nicht fristgerecht zurückgezahlten Darlehens aus dem DFB-Kautionsfond abgezogen.

# Kickers Emden hat die Lizenz für die Saison 2009/2010 zurückgezogen und steht somit als Absteiger fest. Infolgedessen hat Wacker Burghausen die Klasse gehalten.