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| # | Mannschaft | Sp. | S. | U. | N. | Tore | Dif. | Pk. | |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 |
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Bayern München II | 4 | 3 | 1 | 0 | 6:3 | 3 | 10 |
| 2 |
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SpVgg Unterhaching | 3 | 3 | 0 | 0 | 7:0 | 7 | 9 |
| 3 |
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Kickers Emden | 4 | 3 | 0 | 1 | 8:4 | 4 | 9 |
| 4 |
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Rot-Weiß Erfurt | 4 | 3 | 0 | 1 | 8:5 | 3 | 9 |
| 5 |
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1. FC Union Berlin | 4 | 2 | 2 | 0 | 8:2 | 6 | 8 |
| 6 |
|
VfB Stuttgart II | 4 | 2 | 2 | 0 | 7:1 | 6 | 8 |
| 7 |
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Kickers Offenbach | 4 | 2 | 2 | 0 | 7:4 | 3 | 8 |
| 8 |
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SC Paderborn 07 | 3 | 2 | 1 | 0 | 6:2 | 4 | 7 |
| 9 |
|
Wuppertaler SV | 4 | 2 | 1 | 1 | 7:7 | 0 | 7 |
| 10 |
|
SV Sandhausen | 3 | 2 | 0 | 1 | 7:2 | 5 | 6 |
| 11 |
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Werder Bremen II | 3 | 2 | 0 | 1 | 8:6 | 2 | 6 |
| 12 |
|
Wacker Burghausen | 4 | 2 | 0 | 2 | 9:8 | 1 | 6 |
| 13 |
|
Jahn Regensburg | 4 | 1 | 2 | 1 | 5:5 | 0 | 5 |
| 14 |
|
Eintracht Braunschweig | 3 | 1 | 1 | 1 | 5:2 | 3 | 4 |
| 15 |
|
Fortuna Düsseldorf | 3 | 1 | 1 | 1 | 4:5 | -1 | 4 |
| 16 |
|
FC Carl Zeiss Jena | 3 | 1 | 1 | 1 | 4:9 | -5 | 4 |
| 17 |
|
Dynamo Dresden | 3 | 1 | 0 | 2 | 2:3 | -1 | 3 |
| 18 |
|
VfR Aalen | 3 | 0 | 2 | 1 | 1:3 | -2 | 2 |
| 19 |
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Erzgebirge Aue | 4 | 0 | 1 | 3 | 0:5 | -5 | 1 |
| 20 |
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Stuttgarter Kickers | 3 | 0 | 0 | 3 | 1:5 | -4 | 0 |
| Aufstieg | |
| Relegation | |
| Abstieg |
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# Den Stuttgarter Kickers wurden drei Punkte wegen eines nicht fristgerecht zurückgezahlten Darlehens aus dem DFB-Kautionsfond abgezogen. # Kickers Emden hat die Lizenz für die Saison 2009/2010 zurückgezogen und steht somit als Absteiger fest. Infolgedessen hat Wacker Burghausen die Klasse gehalten. |
