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| 27.03.2009 | 19:00 | SC Paderborn 07 | - | VfB Stuttgart II | 1:1 (0:0) | |
| 28.03.2009 | 14:00 | Fortuna Düsseldorf | - | Kickers Emden | 1:1 (0:1) | |
| 14:00 | SpVgg Unterhaching | - | Rot-Weiß Erfurt | 4:0 (2:0) | ||
| 14:00 | SV Sandhausen | - | Erzgebirge Aue | 0:2 (0:2) | ||
| 14:00 | Eintracht Braunschweig | - | Dynamo Dresden | 0:1 (0:0) | ||
| 14:00 | FC Carl Zeiss Jena | - | Wuppertaler SV | 0:0 (0:0) | ||
| 14:00 | Werder Bremen II | - | Kickers Offenbach | 3:1 (1:0) | ||
| 14:00 | Jahn Regensburg | - | Wacker Burghausen | 1:0 (1:0) | ||
| 29.03.2009 | 14:00 | Stuttgarter Kickers | - | Bayern München II | 0:0 (0:0) | |
| 14:00 | VfR Aalen | - | 1. FC Union Berlin | 1:4 (1:2) |
| » Tabelle | Heim | Auswärts | Hinrunde | Rückrunde | 1. Halbzeit | 2. Halbzeit |
| # | Mannschaft | Sp. | S. | U. | N. | Tore | Dif. | Pk. | |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 |
|
1. FC Union Berlin | 28 | 18 | 8 | 2 | 47:17 | 30 | 62 |
| 2 |
|
SC Paderborn 07 | 28 | 16 | 5 | 7 | 52:29 | 23 | 53 |
| 3 |
|
Fortuna Düsseldorf | 28 | 14 | 6 | 8 | 40:25 | 15 | 48 |
| 4 |
|
Kickers Emden | 28 | 13 | 8 | 7 | 37:27 | 10 | 47 |
| 5 |
|
SpVgg Unterhaching | 28 | 13 | 6 | 9 | 38:37 | 1 | 45 |
| 6 |
|
Bayern München II | 28 | 10 | 14 | 4 | 36:25 | 11 | 44 |
| 7 |
|
Kickers Offenbach | 28 | 11 | 10 | 7 | 36:26 | 10 | 43 |
| 8 |
|
Rot-Weiß Erfurt | 28 | 12 | 6 | 10 | 37:34 | 3 | 42 |
| 9 |
|
SV Sandhausen | 28 | 10 | 8 | 10 | 43:39 | 4 | 38 |
| 10 |
|
VfB Stuttgart II | 28 | 10 | 7 | 11 | 44:36 | 8 | 37 |
| 11 |
|
Erzgebirge Aue | 28 | 8 | 10 | 10 | 33:33 | 0 | 34 |
| 12 |
|
Eintracht Braunschweig | 28 | 9 | 6 | 13 | 30:33 | -3 | 33 |
| 13 |
|
Dynamo Dresden | 28 | 8 | 9 | 11 | 29:33 | -4 | 33 |
| 14 |
|
Jahn Regensburg | 28 | 7 | 10 | 11 | 27:41 | -14 | 31 |
| 15 |
|
Wuppertaler SV | 28 | 7 | 8 | 13 | 24:38 | -14 | 29 |
| 16 |
|
VfR Aalen | 28 | 5 | 14 | 9 | 21:36 | -15 | 29 |
| 17 |
|
Wacker Burghausen | 28 | 7 | 8 | 13 | 30:46 | -16 | 29 |
| 18 |
|
Werder Bremen II | 28 | 7 | 6 | 15 | 36:47 | -11 | 27 |
| 19 |
|
FC Carl Zeiss Jena | 28 | 6 | 9 | 13 | 26:45 | -19 | 27 |
| 20 |
|
Stuttgarter Kickers | 28 | 5 | 10 | 13 | 31:50 | -19 | 22 |
| Aufstieg | |
| Relegation | |
| Abstieg |
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# Den Stuttgarter Kickers wurden drei Punkte wegen eines nicht fristgerecht zurückgezahlten Darlehens aus dem DFB-Kautionsfond abgezogen. # Kickers Emden hat die Lizenz für die Saison 2009/2010 zurückgezogen und steht somit als Absteiger fest. Infolgedessen hat Wacker Burghausen die Klasse gehalten. |
