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| # | Mannschaft | Sp. | S. | U. | N. | Tore | Dif. | Pk. | |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 |
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1. FC Union Berlin | 28 | 14 | 12 | 2 | 28:9 | 19 | 54 |
| 2 |
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Fortuna Düsseldorf | 28 | 15 | 8 | 5 | 25:11 | 14 | 53 |
| 3 |
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Kickers Offenbach | 28 | 11 | 12 | 5 | 25:14 | 11 | 45 |
| 4 |
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SC Paderborn 07 | 28 | 12 | 9 | 7 | 28:18 | 10 | 45 |
| 5 |
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Bayern München II | 28 | 10 | 11 | 7 | 23:14 | 9 | 41 |
| 6 |
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Erzgebirge Aue | 28 | 9 | 11 | 8 | 19:16 | 3 | 38 |
| 7 |
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Dynamo Dresden | 28 | 9 | 11 | 8 | 16:14 | 2 | 38 |
| 8 |
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SV Sandhausen | 28 | 9 | 11 | 8 | 25:25 | 0 | 38 |
| 9 |
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Rot-Weiß Erfurt | 28 | 10 | 8 | 10 | 18:19 | -1 | 38 |
| 10 |
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VfB Stuttgart II | 28 | 9 | 9 | 10 | 23:22 | 1 | 36 |
| 11 |
|
Jahn Regensburg | 28 | 8 | 11 | 9 | 20:24 | -4 | 35 |
| 12 |
|
Kickers Emden | 28 | 8 | 11 | 9 | 18:22 | -4 | 35 |
| 13 |
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SpVgg Unterhaching | 28 | 7 | 12 | 9 | 17:21 | -4 | 33 |
| 14 |
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Eintracht Braunschweig | 28 | 6 | 13 | 9 | 12:17 | -5 | 31 |
| 15 |
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VfR Aalen | 28 | 5 | 15 | 8 | 14:19 | -5 | 30 |
| 16 |
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FC Carl Zeiss Jena | 28 | 6 | 11 | 11 | 18:24 | -6 | 29 |
| 17 |
|
Wuppertaler SV | 28 | 5 | 14 | 9 | 13:21 | -8 | 29 |
| 18 |
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Werder Bremen II | 28 | 6 | 10 | 12 | 19:26 | -7 | 28 |
| 19 |
|
Wacker Burghausen | 28 | 5 | 13 | 10 | 18:28 | -10 | 28 |
| 20 |
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Stuttgarter Kickers | 28 | 5 | 10 | 13 | 16:31 | -15 | 25 |
| Aufstieg | |
| Relegation | |
| Abstieg |
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# Den Stuttgarter Kickers wurden drei Punkte wegen eines nicht fristgerecht zurückgezahlten Darlehens aus dem DFB-Kautionsfond abgezogen. # Kickers Emden hat die Lizenz für die Saison 2009/2010 zurückgezogen und steht somit als Absteiger fest. Infolgedessen hat Wacker Burghausen die Klasse gehalten. |
