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| # | Mannschaft | Sp. | S. | U. | N. | Tore | Dif. | Pk. | |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 |
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Kickers Emden | 28 | 13 | 11 | 4 | 19:5 | 14 | 50 |
| 2 |
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1. FC Union Berlin | 28 | 12 | 13 | 3 | 19:8 | 11 | 49 |
| 3 |
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SC Paderborn 07 | 28 | 12 | 11 | 5 | 24:11 | 13 | 47 |
| 4 |
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SV Sandhausen | 28 | 11 | 10 | 7 | 18:14 | 4 | 43 |
| 5 |
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VfB Stuttgart II | 28 | 11 | 8 | 9 | 21:14 | 7 | 41 |
| 6 |
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SpVgg Unterhaching | 28 | 10 | 11 | 7 | 21:16 | 5 | 41 |
| 7 |
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Eintracht Braunschweig | 28 | 10 | 9 | 9 | 18:16 | 2 | 39 |
| 8 |
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Bayern München II | 28 | 8 | 15 | 5 | 13:11 | 2 | 39 |
| 9 |
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Rot-Weiß Erfurt | 28 | 8 | 13 | 7 | 19:15 | 4 | 37 |
| 10 |
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Fortuna Düsseldorf | 28 | 8 | 12 | 8 | 15:14 | 1 | 36 |
| 11 |
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Werder Bremen II | 28 | 7 | 15 | 6 | 17:21 | -4 | 36 |
| 12 |
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Kickers Offenbach | 28 | 8 | 11 | 9 | 11:12 | -1 | 35 |
| 13 |
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Erzgebirge Aue | 28 | 6 | 14 | 8 | 14:17 | -3 | 32 |
| 14 |
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Wuppertaler SV | 28 | 5 | 14 | 9 | 11:17 | -6 | 29 |
| 15 |
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Stuttgarter Kickers | 28 | 3 | 19 | 6 | 15:19 | -4 | 28 |
| 16 |
|
Wacker Burghausen | 28 | 5 | 13 | 10 | 12:18 | -6 | 28 |
| 17 |
|
Dynamo Dresden | 28 | 4 | 15 | 9 | 13:19 | -6 | 27 |
| 18 |
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FC Carl Zeiss Jena | 28 | 5 | 12 | 11 | 8:21 | -13 | 27 |
| 19 |
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Jahn Regensburg | 28 | 5 | 11 | 12 | 7:17 | -10 | 26 |
| 20 |
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VfR Aalen | 28 | 3 | 15 | 10 | 7:17 | -10 | 24 |
| Aufstieg | |
| Relegation | |
| Abstieg |
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# Den Stuttgarter Kickers wurden drei Punkte wegen eines nicht fristgerecht zurückgezahlten Darlehens aus dem DFB-Kautionsfond abgezogen. # Kickers Emden hat die Lizenz für die Saison 2009/2010 zurückgezogen und steht somit als Absteiger fest. Infolgedessen hat Wacker Burghausen die Klasse gehalten. |
