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| # | Mannschaft | Sp. | S. | U. | N. | Tore | Dif. | Pk. | |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 |
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FC Flora | 9 | 8 | 1 | 0 | 29:5 | 24 | 25 |
| 2 |
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FC Levadia | 8 | 7 | 1 | 0 | 32:3 | 29 | 22 |
| 3 |
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JK Nõmme Kalju | 9 | 7 | 1 | 1 | 31:7 | 24 | 22 |
| 4 |
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FC Infonet | 8 | 4 | 2 | 2 | 29:8 | 21 | 14 |
| 5 |
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JK Narva Trans | 8 | 4 | 1 | 3 | 11:8 | 3 | 13 |
| 6 |
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Paide Linnameeskond | 8 | 2 | 2 | 4 | 11:19 | -8 | 8 |
| 7 |
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JK Sillamäe Kalev | 4 | 2 | 1 | 1 | 6:4 | 2 | 7 |
| 8 |
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Tulevik Viljandi | 10 | 2 | 1 | 7 | 8:18 | -10 | 7 |
| 9 |
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JK Tammeka | 7 | 1 | 3 | 3 | 5:9 | -4 | 6 |
| 10 |
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Pärnu JK Vaprus | 9 | 1 | 1 | 7 | 7:34 | -27 | 4 |
| Champions League Quali. | |
| Abstieg |
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# Pärnu Linnameskond wurde am 11. Januar 2017 aufgelöst. Die Erstligalizenz ging an Pärnu JK Vaprus. # JK Sillamäe Kalev steht am Ende der Saison 2017 als einziger Absteiger durch Lizenzentzug fest. |
