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| # | Mannschaft | Sp. | S. | U. | N. | Tore | Dif. | Pk. | |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 |
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FC Levadia | 9 | 6 | 3 | 0 | 16:6 | 10 | 21 |
| 2 |
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FC Flora | 8 | 6 | 2 | 0 | 21:2 | 19 | 20 |
| 3 |
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JK Nõmme Kalju | 8 | 4 | 2 | 2 | 15:9 | 6 | 14 |
| 4 |
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JK Narva Trans | 9 | 3 | 2 | 4 | 15:17 | -2 | 11 |
| 5 |
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FC Infonet | 8 | 3 | 1 | 4 | 13:11 | 2 | 10 |
| 6 |
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JK Tammeka | 10 | 2 | 3 | 5 | 11:20 | -9 | 9 |
| 7 |
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Paide Linnameeskond | 9 | 2 | 2 | 5 | 9:22 | -13 | 8 |
| 8 |
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JK Sillamäe Kalev | 12 | 1 | 2 | 9 | 11:33 | -22 | 5 |
| 9 |
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Pärnu JK Vaprus | 9 | 1 | 0 | 8 | 8:35 | -27 | 3 |
| 10 |
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Tulevik Viljandi | 8 | 1 | 0 | 7 | 3:31 | -28 | 3 |
| Champions League Quali. | |
| Abstieg |
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# Pärnu Linnameskond wurde am 11. Januar 2017 aufgelöst. Die Erstligalizenz ging an Pärnu JK Vaprus. # JK Sillamäe Kalev steht am Ende der Saison 2017 als einziger Absteiger durch Lizenzentzug fest. |
