# Mannschaft Sp. S. U. N. Tore Dif. Pk.
1 FC Flora, Estland FC Flora 12 10 2 0 36:5 31 32
2 JK Nõmme Kalju, Estland JK Nõmme Kalju 13 9 2 2 32:12 20 29
3 FC Levadia, Estland FC Levadia 14 8 4 2 33:13 20 28
4 FC Infonet, Estland FC Infonet 12 7 1 4 27:15 12 22
5 JK Narva Trans, Estland JK Narva Trans 14 5 2 7 19:23 -4 17
6 JK Tammeka, Estland JK Tammeka 12 3 3 6 14:21 -7 12
7 Paide Linnameeskond, Estland Paide Linnameeskond 13 3 3 7 14:35 -21 12
8 JK Sillamäe Kalev, Estland JK Sillamäe Kalev 15 3 2 10 18:36 -18 11
9 Tulevik Viljandi, Estland Tulevik Viljandi 13 2 0 11 9:49 -40 6
10 Pärnu JK Vaprus, Estland Pärnu JK Vaprus 12 1 0 11 9:54 -45 3
  Champions League Quali.
  Abstieg

# Pärnu Linnameskond wurde am 11. Januar 2017 aufgelöst. Die Erstligalizenz ging an Pärnu JK Vaprus.

# JK Sillamäe Kalev steht am Ende der Saison 2017 als einziger Absteiger durch Lizenzentzug fest.