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| # | Mannschaft | Sp. | S. | U. | N. | Tore | Dif. | Pk. | |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 |
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FC Flora | 15 | 12 | 2 | 1 | 43:14 | 29 | 38 |
| 2 |
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FC Levadia | 13 | 11 | 2 | 0 | 47:3 | 44 | 35 |
| 3 |
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JK Nõmme Kalju | 13 | 10 | 1 | 2 | 40:9 | 31 | 31 |
| 4 |
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FC Infonet | 14 | 9 | 2 | 3 | 52:14 | 38 | 29 |
| 5 |
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JK Narva Trans | 13 | 4 | 3 | 6 | 15:18 | -3 | 15 |
| 6 |
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JK Tammeka | 14 | 4 | 3 | 7 | 16:25 | -9 | 15 |
| 7 |
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JK Sillamäe Kalev | 11 | 4 | 2 | 5 | 19:23 | -4 | 14 |
| 8 |
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Tulevik Viljandi | 14 | 4 | 1 | 9 | 14:26 | -12 | 13 |
| 9 |
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Paide Linnameeskond | 14 | 3 | 3 | 8 | 17:33 | -16 | 12 |
| 10 |
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Pärnu JK Vaprus | 14 | 1 | 2 | 11 | 10:53 | -43 | 5 |
| Champions League Quali. | |
| Abstieg |
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# Pärnu Linnameskond wurde am 11. Januar 2017 aufgelöst. Die Erstligalizenz ging an Pärnu JK Vaprus. # JK Sillamäe Kalev steht am Ende der Saison 2017 als einziger Absteiger durch Lizenzentzug fest. |
