| 1. Spieltag | 06.08.2016 | VfL Bochum | - | 1. FC Union Berlin | 2:1 | ||||
| 2. Spieltag | 15.08.2016 | 1. FC Union Berlin | - | Dynamo Dresden | 2:2 |  |
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| 3. Spieltag | 28.08.2016 | Arminia Bielefeld | - | 1. FC Union Berlin | 4:4 | |
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| 4. Spieltag | 10.09.2016 | 1. FC Union Berlin | - | Karlsruher SC | 4:0 | |
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| 5. Spieltag | 16.09.2016 | TSV 1860 München | - | 1. FC Union Berlin | 1:2 | ||||
| 6. Spieltag | 21.09.2016 | Würzburger Kickers | - | 1. FC Union Berlin | 0:1 | |
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| 9. Spieltag | 16.10.2016 | 1. FC Union Berlin | - | Hannover 96 | 2:1 | |
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| 10. Spieltag | 23.10.2016 | Erzgebirge Aue | - | 1. FC Union Berlin | 1:3 | ||||
| 12. Spieltag | 05.11.2016 | 1. FC Kaiserslautern | - | 1. FC Union Berlin | 1:0 | ||||
| 13. Spieltag | 20.11.2016 | 1. FC Union Berlin | - | VfB Stuttgart | 1:1 | ||||
| 14. Spieltag | 27.11.2016 | SV Sandhausen | - | 1. FC Union Berlin | 0:1 | ||||
| 15. Spieltag | 05.12.2016 | 1. FC Union Berlin | - | Eintracht Braunschweig | 2:0 | ||||
| 16. Spieltag | 09.12.2016 | 1. FC Heidenheim 1846 | - | 1. FC Union Berlin | 3:0 | ||||
| 17. Spieltag | 16.12.2016 | 1. FC Union Berlin | - | SpVgg Greuther Fürth | 1:1 |
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