| 1. Spieltag | 05.08.2006 | SV Darmstadt 98 | - | SC Pfullendorf | 0:1 | ||||
| 4. Spieltag | 18.08.2006 | Sportfreunde Siegen | - | SC Pfullendorf | 2:0 | ||||
| 5. Spieltag | 25.08.2006 | SC Pfullendorf | - | SSV Reutlingen | 0:2 | ||||
| 6. Spieltag | 01.09.2006 | FK Pirmasens | - | SC Pfullendorf | 1:3 | ||||
| 7. Spieltag | 13.09.2006 | SC Pfullendorf | - | Stuttgarter Kickers | 1:2 |  |
|||
| 8. Spieltag | 16.09.2006 | SV Wehen-Taunusstein | - | SC Pfullendorf | 3:0 | |
|||
| 9. Spieltag | 22.09.2006 | SC Pfullendorf | - | TSV 1860 München II | 1:1 | ||||
| 10. Spieltag | 30.09.2006 | Hessen Kassel | - | SC Pfullendorf | 0:1 | ||||
| 12. Spieltag | 21.10.2006 | SV 07 Elversberg | - | SC Pfullendorf | 2:3 | ||||
| 13. Spieltag | 28.10.2006 | SC Pfullendorf | - | VfR Aalen | 1:2 | ||||
| 15. Spieltag | 08.11.2006 | SC Pfullendorf | - | 1. FC Kaiserslautern II | 3:2 | ||||
| 16. Spieltag | 12.11.2006 | VfB Stuttgart II | - | SC Pfullendorf | 2:1 | ||||
| 17. Spieltag | 18.11.2006 | SC Pfullendorf | - | FC Ingolstadt 04 | 2:2 | ||||
| 18. Spieltag | 25.11.2006 | SC Pfullendorf | - | SV Darmstadt 98 | 5:2 | ||||
| 19. Spieltag | 03.12.2006 | Bayern München II | - | SC Pfullendorf | 1:0 | ||||
| 20. Spieltag | 09.12.2006 | 1. FC Saarbrücken | - | SC Pfullendorf | 2:2 |
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