| 3. Spieltag | 09.09.1998 | Bayern München | - | Hansa Rostock | 6:1 | ||||
| 6. Spieltag | 26.09.1998 | Werder Bremen | - | Bayern München | 0:1 | ||||
| 8. Spieltag | 17.10.1998 | FC Schalke 04 | - | Bayern München | 1:3 |  |
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| 9. Spieltag | 24.10.1998 | Bayern München | - | 1. FC Kaiserslautern | 4:0 | ||||
| 10. Spieltag | 31.10.1998 | Eintracht Frankfurt | - | Bayern München | 1:0 | ||||
| 11. Spieltag | 07.11.1998 | Bayern München | - | TSV 1860 München | 3:1 | ||||
| 13. Spieltag | 14.11.1998 | Bayern München | - | VfB Stuttgart | 2:0 | ||||
| 16. Spieltag | 04.12.1998 | VfL Bochum | - | Bayern München | 2:2 | ||||
| 12. Spieltag | 16.12.1998 | Bor. Mönchengladbach | - | Bayern München | 0:2 | ||||
| 21. Spieltag | 06.03.1999 | Bayern München | - | SC Freiburg | 2:0 | ||||
| 22. Spieltag | 13.03.1999 | Hamburger SV | - | Bayern München | 0:2 | ||||
| 24. Spieltag | 03.04.1999 | Borussia Dortmund | - | Bayern München | 2:2 |  |
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| 30. Spieltag | 04.05.1999 | VfB Stuttgart | - | Bayern München | 0:2 | ||||
| 31. Spieltag | 09.05.1999 | Bayern München | - | Hertha BSC | 1:1 | ||||
| 33. Spieltag | 22.05.1999 | Bayern München | - | VfL Bochum | 4:2 |
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