1. Spieltag 08.08.2016 VfB Stuttgart - FC St. Pauli 2:1
2. Spieltag 13.08.2016 FC St. Pauli - Eintracht Braunschweig 0:2
3. Spieltag 28.08.2016 Dynamo Dresden - FC St. Pauli 1:0
4. Spieltag 10.09.2016 FC St. Pauli - Arminia Bielefeld 2:1
5. Spieltag 18.09.2016 Karlsruher SC - FC St. Pauli 1:1
6. Spieltag 22.09.2016 FC St. Pauli - TSV 1860 München 2:2
7. Spieltag 26.09.2016 1. FC Union Berlin - FC St. Pauli 2:0 gelbe Karte
8. Spieltag 01.10.2016 Hannover 96 - FC St. Pauli 2:0
9. Spieltag 14.10.2016 FC St. Pauli - Erzgebirge Aue 1:2
10. Spieltag 22.10.2016 SV Sandhausen - FC St. Pauli 3:0
11. Spieltag 31.10.2016 FC St. Pauli - 1. FC Nürnberg 1:1
13. Spieltag 20.11.2016 FC St. Pauli - Fortuna Düsseldorf 0:1
15. Spieltag 02.12.2016 FC St. Pauli - 1. FC Kaiserslautern 0:0
16. Spieltag 11.12.2016 SpVgg Greuther Fürth - FC St. Pauli 0:2
17. Spieltag 17.12.2016 FC St. Pauli - VfL Bochum 1:1 gelbe Karte
18. Spieltag 29.01.2017 FC St. Pauli - VfB Stuttgart 0:1
19. Spieltag 05.02.2017 Eintracht Braunschweig - FC St. Pauli 1:2 gelbe Karte
20. Spieltag 12.02.2017 FC St. Pauli - Dynamo Dresden 2:0
21. Spieltag 19.02.2017 Arminia Bielefeld - FC St. Pauli 1:1
22. Spieltag 27.02.2017 FC St. Pauli - Karlsruher SC 5:0 Tor
23. Spieltag 04.03.2017 TSV 1860 München - FC St. Pauli 1:2
24. Spieltag 10.03.2017 FC St. Pauli - 1. FC Union Berlin 1:2
25. Spieltag 18.03.2017 FC St. Pauli - Hannover 96 0:0
26. Spieltag 31.03.2017 Erzgebirge Aue - FC St. Pauli 1:0
27. Spieltag 04.04.2017 FC St. Pauli - SV Sandhausen 0:0
28. Spieltag 07.04.2017 1. FC Nürnberg - FC St. Pauli 0:2
29. Spieltag 16.04.2017 FC St. Pauli - Würzburger Kickers 1:0
30. Spieltag 21.04.2017 Fortuna Düsseldorf - FC St. Pauli 1:3
31. Spieltag 28.04.2017 FC St. Pauli - 1. FC Heidenheim 1846 3:0
32. Spieltag 05.05.2017 1. FC Kaiserslautern - FC St. Pauli 1:2
33. Spieltag 14.05.2017 FC St. Pauli - SpVgg Greuther Fürth 1:1